Sequencing methods: third generation
DOI:
https://doi.org/10.24310/enbio.v13i175.17271Keywords:
sequencing, third generation, SMRT, PacBio, Oxford Nanopore, MinIONAbstract
The first techniques for massive sequencing of nucleic acids (2nd generation) have allowed an extraordi- nary development of Genomics and its «democratization». However, they present a series of weaknesses, mainly their inability to generate readings greater than 1 kb and the need for prior amplification of the samples. In recent years, so-called third-generation sequencing techniques have appeared, alleviating some of the shortcomings of previous technologies. On the one hand, they average read size reaches 30 kb, with maximums of 2.3 Mb in a read On the other hand, they do not need prior amplification of the nucleic acid samples, so the epigenetic marks that they may present are not lost. In addition, these third generation sequencing techniques can also perform direct sequencing of RNA, which is not possible with the preceding techniques. Thus, they point to a new path in nucleic acid sequencing, setting a new precedent in genomic science development unknown until now.
Downloads
Metrics
References
De la Torre y otros. Insights into Conifer Giga-Genomes. Plant Physiology 166: 1724-1732, 2014.
Valderrama Martín y otros. Métodos de secuenciación de ácidos nucleicos: Segunda generación. Encuentros en la Biología 174: vol 13, verano 2020.
Wenger y otros. Accurate circular consensus long-read sequen- cing improves variant detection and assembly of a human geno- me. Nature Biotechnology 37: 1155-1162, 2019.
Jain y otros. Nanopore sequencing and assembly of a human ge- nome with ultra-long reads. Nature Biotechnology 36: 338-345, 2018.
Sohn y Nam. The present and future of de novo whole-genome assembly. Brief Bioinformatics 19: 23-40, 2018.
GenomeWeb. https://www.genomeweb.com.
Ermert y otros. Phosphate-Modified Nucleotides for Monitoring Enzyme Activity. Topics in Current Chemistry (Cham) 375: 28, 2017.
Rhoads y Au. PacBio Sequencing and Its Applications. Geno- mics Proteomics Bioinformatics. 13: 278-289, 2015.
Amarasinghe y otros. Opportunities and challenges in long- read sequencing data analysis. Genome Biology 21: 30, 2020.
Vilfan y otros. Analysis of RNA base modification and struc- tural rearrangement by single-molecule real-time detection of reverse transcription. Journal of Nanobiotechnology 11: 8, 2013.
Wreczycka y otros. Strategies for analyzing bisulfite sequencing data. Journal of Biotechnology 261: 105-115, 2017.
Flusberg y otros. Direct detection of DNA methylation during single-molecule, real-time sequencing. Nature Methods 7: 461, 2010.
Oxford Nanopore history. https://nanoporetech.com.
Clarke J y otros. Continuous base identification for single- molecule nanopore DNA sequencing. Nature Nanotech. 4: 265- 270, 2009.
Feng y otros. Nanopore-based fourth-generation DNA sequen- cing technology. Genomics, Proteomics and Bioinformatics, 13: 4-16, 2015.
Oxford Nanopore. Nanopore sensing - how it Works. https://nanoporetech.com/how-it-works.
Byrne y otros. Nanopore long-read RNAseq reveals widespread transcriptional variation among the surface receptors of indivi- dual B cells. Nature Communications 8: 16027, 2017.
Garalde DR y otros. Highly parallel direct RNA sequencing on an array of nanopores. Nature Methods, 15: 201, 2018.
Altschul, S.F. y otros. Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol. 215:403-410, 1990.
Málaga Nanopore, noticia. https://www.aulamagna.com.es.
Zhou y otros. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature 579: 270-273, 2020.
Barré-Sinoussi y otros. Isolation of a T-lymphotropic retrovirus from a patient at risk for acquired immune deficiency syndrome (AIDS). Science 220: 868-871, 1983.
Ratner y otros. Complete nucleotide sequence of the AIDS vi- rus, HTLV-III. Nature 313: 277-284, 1985.
Mojtabavi y otros. Single-Molecule Sensing Using Nanopores in Two-Dimensional Transition Metal Carbide (MXene) Mem- branes. ACS Nano 13: 3042-3053, 2019.
Oxford Nanopore Protein Analysis. https://nanoporetech.com/applications.
Nanopore-based 5D fingerprinting of single pro- teins in real-time (London Calling Presentation). https://nanoporetech.com.
Downloads
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Esta obra está bajo licencia internacional Creative Commons Reconocimiento-NoComercial-CompartirIgual 4.0.
Esta revista provee acceso libre inmediato a su contenido bajo el principio de hacer disponible gratuitamente la investigación al público. Todos los contenidos publicados en Encuentros en la Bilogía están sujetos a la licencia Creative Commons Reconocimento-NoComercia-Compartirigual 4.0 cuyo texto completo puede consultar en <http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0>
Se pueden copiar, usar, difundir, transmitir y exponer públicamente, siempre que:
Se cite la autoría y la fuente original de su publicación (revista, editorial y URL de la obra).
No se usen para fines comerciales.
Se mencione la existencia y especificaciones de esta licencia de uso
Los derechos de autor son de dos clases: morales y patrimoniales. Los derechos morales son prerrogativas perpetuas, irrenunciables, intransferibles, inalienables, inembargables e imprescriptibles. De acuerdo con la legislación de derechos de autor, Encuentros en la Biología reconoce y respeta el derecho moral de los autores/as, así como la titularidad del derecho patrimonial, el cual será cedido a la Universidad de Málaga para su difusión en acceso abierto. Los derechos patrimoniales, se refieren a los beneficios que se obtienen por el uso o divulgación de las obras. Encuentros en la Biología se publica en open access y queda autorizada en exclusiva para realizar o autorizar por cualquier medio el uso, distribución, divulgación, reproducción, adaptación, traducción o transformación de la obra.
Es responsabilidad de los autores/as obtener los permisos necesarios de las imágenes que están sujetas a derechos de autor.
Los autores/as cuyas contribuciones sean aceptadas para su publicación en esta revista conservarán el derecho no exclusivo de utilizar sus contribuciones con fines académicos, de investigación y educativos, incluyendo el auto-archivo o depósito en repositorios de acceso abierto de cualquier tipo.
La edición electrónica de esta revista esta editada por la Editorial de la Universidad de Málaga (UmaEditorial), siendo necesario citar la procedencia en cualquier reproducción parcial o total.
